La commune de Flaugnac est située dans le Quercy Blanc à l’extrémité sud du département du Lot.
Le bourg de Flaugnac est bâti sur un promontoire calcaire qui domine la vallée de la Lupte de près de 100m.
Le territoire du Quercy Blanc, pays de Serres et de Vaux, est caractéristique par ses plateaux calcaires (Serres) qui cachent de nombreuses sources et par de vallées profondes (Vaux).
Les terrains calcaires perméables sont entaillés par les vallées parallèles d'orientation NE-SW qui se dirigent vers l'axe de la Garonne : au nord la vallée de la Barguelonne, au sud celle de la Lupte.
La commune est proche du parc naturel régional des Causses du Quercy et une partie de son territoire est classée dans le réseau Natura 2000 en raison de la riche biodiversité : landes et pelouses sèches abritant des espèces remarquables (orchidées, papillons…) et des habitats naturels à protéger.
D’autres parties sont classées ZNIEFF (Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique) en raison d’espèces ou habitats protégés.
